疫情前期，根据各级防疫防控工作指引，后勤校产管理处将番禺校区学生宿舍九栋四楼和五楼两层宿舍进行临时改造。按照要求，番禺校区配置了一人一室、带独立卫生间的医学隔离观察房，共六十四间；防疫物资储存室、更衣室、脱防护用品间、污洗间、值班室、管理人员值班室和驻点医生值班室等七间功能房。每个房间配置了床上用品（床单、蚊帐、被褥等）、紫外线消毒灯、垃圾筐、垃圾袋、电热水壶、电热蚊香液、电热蚊香加热器、洗手液、75%乙醇、卷纸、水银温度计、一次性口罩、矿泉水和温馨提示。

疫情期间，经过区卫监所和有关部门数次对医学隔离观察区域的检查和督导，后勤处听取了各方给予的建议，对番禺校区医学隔离观察区域进行了多次调整和改造。为了加强防控工作的开展，先后多次申请校采各类防疫物资8300余件。从2020年2月初至今，根据学校各部门工作安排，先后分批入住医学隔离观察人员总计61人（工作人员23人，学生38人）；人员入住期间，每日对已入住人员的隔离观察房进行清洁、消毒和通风，严格执行医学隔离观察场所工作指引和医学观察场所清洁消毒指引。清洁、消毒、通风、送餐、送温暖等服务约三千人次。